Una causa frecuente de sensibilidades estomacales son las infecciones cuando el sistema inmune se encuentra en un estado de hiperreactividad a diversas sustancias, se dice que una persona manifiesta una hipervigilancia. Este estado es frecuente en las personas que padecen enfermedades autoinmunes, el síndrome de fatiga crónica, autismo y alergias. Los microbios como los parásitos, o la proliferación de levaduras, son las causas más frecuentes de un sistema inmunológico hipervigilante.
Los virus con un cronicidad tenaz, como el virus del herpes simplex o el virus de Epstein Barr, son virus que permanecen en nuestro cuerpo de por vida. La exposición a productos químicos también contribuye a la sensibilidad a ciertos alimentos: la exposición a un alérgeno puede volvernos sensibles si es intensa o si está acompañada de altos niveles de estrés. Por lo general, los síntomas son subjetivos y emocionales.